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総務部 ・庶務、経理
農業大学校 ・大学校の運営、教育の企画実施、農業研修の企画実施
企画調整・経営支援部
企画調整担当 ・試験研究の総合調整、広報、知的財産の管理、産学官の連携
農業普及担当 ・普及指導員の指導、試験研究課題の提案と成果の普及、現場課題の調査研究
農業技術センター
  農産園芸部
主作・経営機械担当 ・稲、麦、大豆の品種選定、栽培法の試験研究
・農業経営、農業の機械化、施設、装置の試験研究
園芸担当 ・野菜、花き、果樹の品種選定、栽培法の試験研究
・有用植物の遺伝資源の収集、保存
  病害虫部
防除指導担当
 (病害虫防除所)
・農作物の病害虫防除に関する試験研究、農薬、農作物安全性に関する試験研究
・有害動植物、病害虫の発生予察、植物防疫
畜産技術センター ・肉用牛、豚、鶏の改良、飼育管理の試験研究
・精液の採取、処理、検査、保存、供給
北部農業技術センター ・稲、麦、雑穀、野菜、果樹、特用作物の品種改良、栽培法の試験研究
・食品加工技術、流通利用技術の試験研究
・肉用牛の改良、繁殖牛の飼養管理に係る試験研究、種雄牛の育成
・遺伝資源の収集、保存、バイオテクノロジーを用いた試験研究(家畜)
淡路農業技術センター ・野菜、花き、果樹の栽培法の試験研究
・乳用牛の改良、飼養管理の試験研究、家畜精液、受精卵の保存、供給
森林林業技術センター ・材木の育種、育苗の試験研究、森林の育成、保護の試験研究
・特用林産物の試験研究、森林の多面的機能維持増進の試験研究
・木材の加工、利用の試験研究、林業技術研修の計画策定、実施
・普及指導員の指導、研修、普及指導の調査、研究、情報収集、提供
緑化センター ・材木育種事業及び優良種苗生産事業
水産技術センター ・漁業の環境、漁業資源の管理に関する試験研究
・漁場整備、水産被害の試験研究
・魚介藻類の増養殖、魚病の試験研究、水産種苗の生産、放流の試験研究
・普及指導員の指導、研修、普及指導の調査、研究、情報収集、提供
但馬水産技術センター ・日本海海域の海洋環境、資源管理、漁場整備、漁業技術の試験研究
・日本海海域の魚介藻類の増養殖の試験研究
・水産物加工利用の試験研究
内水面漁業センター ・内水面の環境、生物資源、魚病の試験研究
・内水面漁業に関する情報収集、提供